El Instituto de Paleontología depende de la Dirección de Geología. La Paleontología es la ciencia que estudia por medio del análisis de los fósiles, la vida transcurrida en las distintas épocas geológicas.
La Colección Paleobotánica es el resultado del trabajo geológico-paleontológico realizado por el personal de la institución en trabajos de campo, canjes y donaciones efectuadas por centros del país y del extranjero.